「id」が「0」(欠番)の適当な5件を「1」にするSQL文は以下の通り。
┌──────────────────────────────────────┐
│UPDATE `表`                                                                 │
│    SET `id` = '1'                                                          │
│    WHERE `id` = '0'                                                        │
│    ORDER BY rand()                                                         │
│    LIMIT 5;                                                                │
└──────────────────────────────────────┘
UPDATEでも「ORDER BY rand()」と「LIMIT」が使えるのは便利かも。