基本的に、以下のようにブックを保存した場合、保存先のパスに同一ファイル名があると
保存するか否かのダイアログが開いてしまう。
(そこで「いいえ」とかにするとエラーになってしまう)
┌──────────────────────────────────────┐
│ブック.SaveAs Filename:=保存先, _                                           │
│              FileFormat:=XlFileFormat.xlOpenXMLWorkbook                    │
└──────────────────────────────────────┘

これを避けるためには、その前後で、
警告メッセージ(DisplayAlerts)を一時的に切ればよい。
┌──────────────────────────────────────┐
│Application.DisplayAlerts = False                                           │
│ブック.SaveAs Filename:=保存先, _                                           │
│              FileFormat:=XlFileFormat.xlOpenXMLWorkbook                    │
│Application.DisplayAlerts = True                                            │
└──────────────────────────────────────┘
シート削除(こちらも確認ダイアログが開く)時と同じ要領だ。