trタグでxクラスがある場合、それをスキップして次へ進む方法。

┌──────────────────────────────────────┐
│tr = tr.next('tr:not(.x)');                                                 │
└──────────────────────────────────────┘
これはダメ。次を一つだけ見て、条件一致するかを判定するだけだから。

以下のようにループさせるのがよい。
┌──────────────────────────────────────┐
│while (tr.next('tr').hasClass('x')) {                                       │
│    tr = tr.next('tr');                                                     │
│}                                                                           │
└──────────────────────────────────────┘