現時点ではベータ版なので仕様がよくわからない。

判明していること。
create()メソッドで指定できるのは、ローカルファイルのみ。
URI指定じゃ無理みたい。
×$newArchiveZip->create('http://…/ooo1.htm');

なので、URI指定の場合はローカルにもってくる必要がある。
┌──────────────────────────────────────┐
│if (!file_exists($ディレクトリパス)) {                                      │
│  mkdir($ディレクトリパス);                                                 │
│}                                                                           │
└──────────────────────────────────────┘
まずは、こんな感じでディレクトリを再現してあげて
┌──────────────────────────────────────┐
│if ($handle = fopen($コピー元, 'rb')) {                                     │
│  $content = stream_get_contents($handle);                                  │
│  fclose($handle);                                                          │
│  file_put_contents($コピー先, $content);                                   │
│}                                                                           │
└──────────────────────────────────────┘
こんな感じで、コピーする(この時、コピー元がURIになる)。
その結果を、create()で圧縮してあげればよい。