実行ファイル(例えば「index.php」など)から、
配下をすべてディレクトリごとまとめてくれるので、便利といえば便利なのだが、
途中に余計なパスが混じってると余計だ
┌──────────────────────────────────────┐
│├index.php                                                                 │
│└余計なディレクトリ                                                        │
│  └余計なディレクトリ                                                      │
│    └(ここから)圧縮したいディレクトリ                                      │
│      └サブディレクトリ                                                    │
│        └data.dat                                                          │
└──────────────────────────────────────┘
圧縮したいディレクトリ以降のみを圧縮したい場合、どうすればいいのか？

答えは簡単。
そこへ移動してから、create()メソッドを実行してあげればよい。

移動する方法とは？
チェンジディレクトリ(chdir)だ。
いわゆるコンソールで打つコマンドだが、PHPでも関数として実行することができる。

こんな感じ。
┌──────────────────────────────────────┐
│chdir(圧縮したいディレクトリ);                                              │
└──────────────────────────────────────┘