Windowsの場合のみの特殊処理を行いたい場合の分岐処理は以下の通り。
┌──────────────────────────────────────┐
│if ((PHP_OS === 'WIN32') || (PHP_OS === 'WINNT')) {                         │
│  echo 'Windowsです';                                                       │
│} else {                                                                    │
│  echo 'Windowsではありません';                                             │
│}                                                                           │
└──────────────────────────────────────┘

例えば、以下のようなファイル権限変更なんてのは
(Linuxとかでは必要だが)Windowsでは不要だから分岐したりする。
┌──────────────────────────────────────┐
│chmod($ファイル, 0644);                                                     │
└──────────────────────────────────────┘