基本は以下の通り。
┌──────────────────────────────────────┐
│Worksheets.AutoFilterMode = False                                           │
└──────────────────────────────────────┘

「Worksheets」を部分を、以下のようにファイル内ループで全シートとかにすれば
一括解除できる。
┌──────────────────────────────────────┐
│Dim objSheet As Object                                                      │
│Dim sh As Worksheet                                                         │
│For Each sh In ThisWorkbook                                                 │
│    sh.AutoFilterMode = False                                               │
│Next sh                                                                     │
└──────────────────────────────────────┘