MERGE文はあきらめて、地道にINSERT・UPDATE文でやっちまうのが手っ取り早い。

「変更→削除→追加」の順が妥当なようだ。

ということで、以下のような感じで。
┌──────────────────────────────────────┐
│-- 変更                                                                     │
│UPDATE [旧表]                                                               │
│    SET [列]       = [新表].[列],                                           │
│        [更新日時] = getdate()                                              │
│    FROM [旧表]                                                             │
│        INNER JOIN [新表]                                                   │
│          ON  [新表].[キー] =  [旧表].[キー]                                │
│          AND [新表].[列]   <> [旧表].[列]                                  │
│    WHERE [旧表].[削除済フラグ] = 0;                                        │
├──────────────────────────────────────┤
│-- 削除                                                                     │
│UPDATE [旧表]                                                               │
│    SET [削除済フラグ] = 1,                                                 │
│        [更新日時]     = getdate()                                          │
│    WHERE [旧表].[削除済フラグ] = 0                                         │
│      AND NOT EXISTS (                                                      │
│              SELECT *                                                      │
│                  FROM [新表]                                               │
│                  WHERE [新表].[キー]         = [旧表].[キー]               │
│                    AND [新表].[削除済フラグ] = 0                           │
│          );                                                                │
├──────────────────────────────────────┤
│-- 追加                                                                     │
│INSERT INTO [旧表] (                                                        │
│        [キー],                                                             │
│        [列],                                                               │
│        [更新日時]                                                          │
│    )                                                                       │
│    SELECT [新表].[キー],                                                   │
│           [新表].[列],                                                     │
│           getdate()                                                        │
│        FROM [新表]                                                         │
│        WHERE [新表].[削除済フラグ] = 0                                     │
│          AND NOT EXISTS (                                                  │
│                  SELECT *                                                  │
│                      FROM [旧表] AS [追加先]                               │
│                      WHERE [追加先].[キー]         = [新表].[キー]         │
│                        AND [追加先].[削除済フラグ] = 0                     │
│              );                                                            │
└──────────────────────────────────────┘