「set /P」を使う。

以下のような感じ。
┌──────────────────────────────────────┐
│@echo off                                                                   │
│cls                                                                         │
│set /P VAR="値を入力してください："                                         │
│if "%VAR%"=="" (                                                            │
│    echo 入力がありません                                                   │
│) else (                                                                    │
│    echo 入力された値：%VAR%                                                │
│)                                                                           │
│pause;                                                                      │
└──────────────────────────────────────┘