秀丸エディタの置換にて。

【促音】(右隣の文字に置換)
                            ┌───┬────┐
                            │置換前│(ッ)(.) │
                            ├───┼────┤
                            │置換後│\2\2    │
                            └┬──┴────┘
  ┌───┐      ┌───┐  │  ┌───┐
  │モット│──→│Moッto│─●→│Motto │
  └───┘      └───┘      └───┘

【長音】(左隣の文字に置換)
                            ┌───┬────┐
                            │置換前│(.)(ー) │
                            ├───┼────┤
                            │置換後│\1\1    │
                            └┬──┴────┘
  ┌───┐      ┌───┐  │  ┌───┐
  │サワー│──→│sawaー│─●→│sawaa │
  └───┘      └───┘      └───┘